1. 大寮空氣污染案

        2008年12月，高雄縣大寮工業區陸續散發不明氣體，導致潮寮國中和國小共八十多名師生出現頭暈、噁心等不舒服的症狀。由於對於污染源以及賠償事宜始終無法在企業、居民代表、與行政機關三方間達成共識，導致多次圍廠行動和警民衝突。
        2009年1月，環保署公佈調查報告，確認聯合污水處理廠等七家工廠為造成空氣污染的密切相關者，應為此四次偶發空污事件求償之共同負責者。
        然而，公害糾紛處理法所規定的地方處理機制遲未啟動，直到環保署呼籲，高雄縣政府才邀集相關單位及大寮鄉長及潮寮三村村長等代表召開「公害糾紛調處受害賠償協調會」，並就受害居民就診及身心健康影響情形召開「健康影響評估會議」。但會議後，高雄縣與經濟部工業局對於後續協調補償事宜的主管機關認定欠缺共識，後來演變成機關間的衝突。最後由行政院介入召開跨部會協調會，來解決補償經費的來源、用途和責任分攤相關事宜。然而事件發展至今，各方對於賠償事宜以及環保協定簽訂之主體與內容等事項皆尚無法達成共識。

2. 希臘籍阿瑪斯號貨輪污染墾丁海域事件

        載滿礦砂的希臘籍阿瑪斯號貨輪於2001年1月14日行經臺灣南部海域時，在墾丁海域擱淺，阿瑪斯號隨後則於18日出現船身破裂的情形，並開始漏油。由於墾丁海域的特殊珊瑚礁地形與天候因素，使得浮油的打撈及清理不易，歷時三個月才完成；阿瑪斯號船體的打撈與清除作業，則延宕至當年10月仍未完成。浮油的影響面積高達二十公頃，對墾丁海域的生態造成極大的傷害，同時也對墾丁的漁業與觀光事業造成無法回復的影響。
        環保署彙整各部門支出的費用，共計超過新台幣9,300萬元，環保署與阿瑪斯號代表就賠償事宜協商談判，結果由阿瑪斯號責任保險人賠償油污清除費用新台幣6100萬元、林木復育費180萬元以及船舶移除費用8470萬。惟雙方就生態損害與經濟損失賠償金額遲遲無法達成共識，環保署遂於2003年1月分別向我國屏東地方法院與阿瑪斯號責任保險人「船東責任互保協會」(Assuranceforeningen，以下稱Gard)所在地之挪威Arendal地方法院提起訴訟。
 

        環保署依海洋污染防治法第33條及同法第34條規定，以阿瑪斯號船東以及Gard為被告，要求其負侵權行為的連帶損害賠償責任。環保署以侵權行為為請求權基礎，主張該侵權事件發生於屏東地方法院所轄之屏東墾丁外海，依民事訴訟法第15條規定，屏東地方法院應有管轄權。惟屏東地方法院於2004年6月30日做成之裁定中認為，本事件應由挪威法院審理，駁回原告（環保署）之訴。屏東地方法院認為：1、原告與Gard間法律關係之準據法既然為挪威法，則應由挪威法院審理為宜。2、原告與阿瑪斯號間法律關係之準據法雖然為我國法，但我國於2000年制定通過的海洋污染防治法係參考1969年國際油污民事損害賠償公約(International Convention on Civil Liability for Oil Pollution Damage, CLC)而制定，挪威法院曾多次適用該公約進行審判，較我國法院更有經驗；再者，我國與挪威間並未相互承認判決之效力，即便原告在我國取得勝訴，若欲執行仍須於挪威起訴，挪威法院就本案將重新審理，故為使原告之權益獲得落實，應由挪威法院審理為宜。

        環保署亦同時向Gard所在地的挪威起訴，求償金額為3億5千萬元，包括船舶殘體對珊瑚礁造成之傷害、對漁業資源之破壞、岸際監控費用、專家費用及公營單位門票收入損失等。由於請求項目主要涉及生態損失，特別是珊瑚礁及漁業等各項專業領域，故Arendal地方法院除一位主審法官以外，另有兩位分別來自挪威水質研究機構(Norwegian Institute for Water Research)及海洋研究機構(Institute of Marine Research)的專家以專家法官的身分參與審理。        
         Arendal地方法院於2005年1月10日做成判決，雖判決我國勝訴，但認為無法證明因果關係而否定珊瑚復育費用、漁業復育費用、稅收損失及觀光收入損失等請求，以致於我國獲得的損害賠償金尚不足以支付訴訟費用等支出。環保署考慮若繼續進行訴訟會耗費過多時間金錢，因此於2006年3月與阿瑪斯號船東及Gard進行協商，最後以美金105萬元達成和解。